La scuola originaria di Tsinghua University, chiamata Tsinghua Xuetang, fu fondata nel 1911 e successivamente ribattezzata Tsinghua School nel 1912. Nel 1928, prese il nome di Tsinghua University. Nel 1937, a causa dello scoppio della guerra anti-giapponese, si trasferì a Changsha insieme alla Peking University e alla Nankai University per formare temporaneamente l'Università Nazionale di Changsha. Nel 1938, si trasferì a Kunming e cambiò nome in Università Nazionale del Sud-Ovest Unita. Nel 1946, l'università tornò al campus di Tsinghua e creò cinque facoltà: Lettere, Giurisprudenza, Scienze, Ingegneria e Agricoltura, con 26 dipartimenti.
Dopo l'aggiustamento dei dipartimenti delle università nazionali nel 1952, Tsinghua University divenne un'università poliedrica focalizzata sulla formazione di talenti nell'ingegneria e nella tecnologia, guadagnandosi la reputazione di "culla degli ingegneri rossi". Dopo l'apertura e la riforma, Tsinghua University ha gradualmente stabilito l'obiettivo a lungo termine di diventare un'università di livello mondiale, entrando in una nuova era di sviluppo vigoroso. L’università ha ripristinato o creato nuovi dipartimenti nelle scienze, nelle arti liberali, nella medicina e nelle discipline di economia e gestione, e ha istituito una scuola di studi post-laurea e una scuola di formazione continua. Nel 1999, l'Istituto Centrale di Arti e Mestieri è stato incorporato e istituita la Scuola di Belle Arti di Tsinghua University. Nel 2012, il Dipartimento di Studi Post-Laurea della Banca Popolare Cinese è stato incorporato e istituito l'Istituto di Finanza di Wudaokou di Tsinghua University. Con il forte sostegno del governo e della società, attraverso l'implementazione dei progetti "211" e "985" e lo sviluppo del programma "Doppia Prima Classe", Tsinghua University ha fatto progressi significativi nella formazione di talenti, nella ricerca scientifica, nei servizi alla società, nell'innovazione culturale e nell'interazione internazionale. Attualmente, Tsinghua University ha 21 facoltà e 59 dipartimenti, ed è diventata un'università comprensiva, di ricerca e aperta, con 12 discipline principali tra cui scienze, ingegneria, lettere, arti, storia, filosofia, economia, gestione, diritto, educazione, medicina e discipline interdisciplinari.
Guardando al futuro, Tsinghua University si attiene al motto "perseverare nello sforzo, portare in sé il peso delle responsabilità" e allo spirito "l'azione è superiore alle parole". L’università adotta uno stile educativo che integra la cultura cinese e occidentale, connette il passato e il presente, e fonde le discipline umanistiche e scientifiche. Promuove la tradizione di "patriottismo e dedizione" e lo spirito di "innovazione umanistica". Guidata dalla teoria del socialismo con caratteristiche cinesi per la nuova era proposta da Xi Jinping, Tsinghua University considera la formazione morale degli studenti come la sua missione fondamentale, il servizio al paese come il suo obiettivo supremo, lo sviluppo disciplinare come base di sviluppo, la riforma profonda come motore potente e il rafforzamento del partito come garanzia solida. Si impegna a raggiungere un nuovo livello di sviluppo di alta qualità per diventare una delle migliori università al mondo, contribuendo al progresso del paese, alla felicità del popolo e al progresso della civiltà umana.