La Peking University è stata fondata nel 1898 come risultato della Riforma dei Cento Giorni ed è il frutto dell'impegno del popolo cinese per la salvezza nazionale e l'eccellenza accademica. Inizialmente conosciuta come "Scuola Superiore della Capitale", è stata la prima università nazionale a carattere multidisciplinare della Cina moderna. Dopo la Rivoluzione di Xinhai, nel 1912, ha assunto il nome attuale.

Nel corso dell'antica e gloriosa storia della civiltà cinese, sono state istituite istituzioni di istruzione superiore come la "Tai Xue" (accademia imperiale), la "Guo Zi Xue" e la "Guo Zi Jian" (accademia nazionale), che hanno avuto un impatto significativo sulla storia dell'educazione in Cina e nel mondo. La Peking University "prosegue la tradizione della Tai Xue e fonda la culla delle università", non solo eredita la cultura cinese e la tradizione educativa, ma segna anche l'inizio dell'istruzione superiore moderna in Cina. All'inizio della sua fondazione, è stata anche l'organo amministrativo dell'istruzione superiore più alto del paese, contribuendo in modo significativo alla creazione del sistema educativo moderno in Cina.

Come centro del Movimento della Nuova Cultura e luogo di origine del Movimento del 4 Maggio, come luogo di diffusione iniziale del marxismo e del pensiero democratico-scientifico in Cina, e come base iniziale delle attività del Partito Comunista Cinese, la Peking University ha contribuito in modo eccezionale al risveglio e alla liberazione della nazione, alla costruzione e allo sviluppo del paese, alla civiltà e al progresso sociale, svolgendo un ruolo pionieristico fondamentale nel processo di modernizzazione della Cina. Lo spirito di patriottismo, progresso, democrazia e scienza, insieme all'atteggiamento diligente, rigoroso, realistico e innovativo, continua a prosperare e passa di generazione in generazione in questa istituzione.

Nel 1917, il famoso educatore Cai Yuanpei assunse la carica di rettore della Peking University. Egli adottò il principio della libertà di pensiero e perseguì l'ideologia dell'inclusione e dell'accoglienza. Ha portato a termine riforme altamente efficaci all'interno della Peking University, promuovendo la liberazione del pensiero e la prosperità accademica. Una serie di illustri personalità come Chen Duxiu, Li Dazhao, Mao Zedong, Lu Xun, Hu Shi, Li Siguang e molti altri, hanno lavorato come docenti o occupato posizioni presso la Peking University.

Dopo l'incidente del Ponte di Lugou nel 1937, la Peking University, insieme alla Tsinghua University e alla Nankai University, si trasferì a Changsha, formando temporaneamente l'Università Nazionale di Changsha. Nel 1938, l'università temporanea si trasferì a Kunming e cambiò nome in Università Nazionale del Sud-Ovest. Dopo la vittoria nella guerra di resistenza contro il Giappone, la Peking University tornò a Pechino nell'ottobre del 1946.

Dopo la fondazione della Repubblica Popolare Cinese, nel 1952, si svolse una ristrutturazione dei dipartimenti universitari in tutto il paese. La Peking University divenne un'università comprensiva, con un'istruzione di base e ricerca in campo umanistico e scientifico e con discipline applicate all'avanguardia. Ha formato un gran numero di talenti eccezionali per la causa della costruzione socialista. Tra i 23 pionieri del programma nucleare e spaziale cinese, ben 12 sono ex studenti (laureati) della Peking University.

Dopo l'avvio delle riforme e dell'apertura economica, la Peking University è entrata in una nuova fase di sviluppo stabile e rapido. Nel 1994 è stata selezionata come una delle prime università chiave del progetto "211", promosso dal governo centrale. Il 4 maggio 1998, durante la celebrazione del centenario della fondazione della Peking University, il Comitato centrale del Partito Comunista Cinese ha lanciato l'appello per la realizzazione di diverse università di classe mondiale con un livello avanzato a livello internazionale, dando il via al progetto "985" per costruire università di classe mondiale. Con il sostegno e la promozione di questa strategia nazionale, lo sviluppo della Peking University ha aperto una nuova pagina nella sua storia.

Il 3 aprile 2000, la Peking University si è fusa con l'ex Beijing Medical University, formando la nuova Peking University. L'antesignana dell'ex Beijing Medical University è stata la Scuola Nazionale di Medicina di Pechino, fondata il 26 ottobre 1912. La fondazione della Scuola di Medicina Occidentale dell'Università del Palazzo Imperiale nel 1903 ha gettato le basi per questa scuola nazionale di medicina. Negli anni '30 e '40 del XX secolo, la scuola era conosciuta come Facoltà di Medicina dell'Università di Beiping e nel luglio 1946 si è unita all'Peking University. Nel 1952, durante la ristrutturazione dei dipartimenti universitari a livello nazionale, la Facoltà di Medicina dell'Peking University si è separata dall'Università di Pechino e si è costituita come Università di Medicina di Pechino. Nel 1985 ha cambiato nome in Beijing Medical University e nel 1996 è stata selezionata come una delle prime università mediche supportate dal progetto "211" del governo centrale. La fusione delle due università ha ulteriormente ampliato la struttura disciplinare della Peking University, creando una base per promuovere l'intersezione e l'integrazione tra la medicina, le scienze naturali, l'ingegneria e le scienze umane e sociali, nonché per l'innovazione e la riforma dell'istruzione medica.

Dopo il XVIII Congresso del Partito Comunista Cinese, sotto la forte leadership del Comitato centrale del Partito con il compagno Xi Jinping al centro, l'Università di Pechino ha accelerato lo sviluppo di alta qualità e contenuto, ottenendo nuovi progressi nel percorso di costruzione di un'università di classe mondiale con caratteristiche cinesi. Il 2 maggio 2018, il Segretario generale Xi Jinping ha visitato la Peking University e ha sottolineato durante un incontro con docenti e studenti: "Negli ultimi anni, la Peking University ha ereditato la gloriosa tradizione, ha mantenuto l'orientamento socialista nell'istruzione, ha ottenuto risultati significativi nella formazione morale degli studenti e nella costruzione delle discipline di prima classe. Ha fornito un notevole contributo allo sviluppo economico e sociale del paese. L'Università ha una chiara visione di sviluppo, ha notevolmente rafforzato la sua forza e influenza nell'istruzione, il che è motivo di soddisfazione". Guidata dalle ispirazioni e indicazioni del Segretario generale Xi Jinping, la Peking University continuerà a perseverare, ad affrontare le sfide e a svolgere il ruolo di culla per la formazione di talenti innovativi di alta qualità, di avamposto per la creazione di avanzate tecnologie e cultura del pensiero, di piattaforma centrale per il servizio allo sviluppo di alta qualità del paese e di ponte per promuovere l'apertura di alto livello. In questa nuova fase, la Peking University continuerà a scrivere una nuova pagina nella costruzione di un'università di classe mondiale con caratteristiche cinesi.

L'attuale segretario generale del comitato del partito comunista cinese della Peking University è Hao Ping, mentre il rettore è Gong Qihuang.